VIROMA – PESQUISA DE VÍRUS DE RNA E GENOTIPAGEM
A microbiologia clínica auxilia o diagnóstico e tratamento de pacientes com infecções através da identificação de patógenos em amostras clínicas, e contribui para a vigilância e monitorização dos surtos de doenças infecciosas na comunidade. Os métodos laboratoriais diagnósticos tradicionais incluem o crescimento e isolamento de microrganismos em culturas, detecção de anticorpos específicos contra patógenos (sorologia) ou antígenos e identificação molecular de ácidos nucleicos microbianos (DNA ou RNA),principalmente através da metodologia PCR (Polimerase Chain Reaction).
Enquanto os ensaios moleculares conseguem pesquisar um número limitado de patógenos através de primers ou sondas específicas, os ensaios de metagenômica são capazes de detectar qualquer DNA ou RNA presente em uma amostra. Esta ferramenta permite análises do microbioma completo e do genoma do hospedeiro humano ou transcriptoma em amostras de pacientes e tem sido usada para identificação de patógenos virais novos, caracterização do viroma humano em situações de saúde e doença, além de aplicação na medicina forense.
A capacidade para detectar todos os potenciais patógenos (vírus, bactérias, fungos e parasitas), em uma amostra, indica um potencial grande de utilização para o diagnóstico de doenças infecciosas. Um dos sucessos recentes do uso desta tecnologia foi a descoberta do SARS coronavírus. Contudo, em 2005, o advento da tecnologia de sequenciamento de nova geração –“next- generation sequencing (NGS)”- foi o marco para a grande evolução no campo da metagenômica. Pela primeira vez, foi possível gerar milhões a bilhões de leituras em uma única corrida, permitindo análise do conteúdo genético inteiro de uma amostra clínica ou ambiental. Alguns exemplos de uso da NGS em saúde pública incluem a investigação de surtos de Escherichia coli e na vigilância de resistência antibiótica em alimentos . Apesar dos sucessos recentes com a utilização desta metodologia, para uma aplicação clínica diagnóstica segura ainda serão necessários mais estudos. Uma complexa interação entre os microorganismos e fatores de hospedeiro influenciam a saúde humana. O microbioma modula as respostas imunes do hospedeiro e, frequentemente, não é fácil verificar se um microorganismo detectado é um contaminante, colonizador ou um patógeno verdadeiro.
Alguns estudos demonstraram a utilização da metagenômica NGS (mNGS) na investigação de surtos de doenças infecciosas, caracterização de resistência antibiótica diretamente das amostras clínicas e análise da resposta do hospedeiro humano (transcriptoma) para prever causas de infecção e avaliar risco de doença. Portanto, com a presença constante de patógenos emergentes no mundo atual, os testes baseados na metodologia mNGS muito provavelmente terão papel fundamental no monitoramento e rastreamento de surtos de novas doenças.
Com o objetivo de apoiar o diagnóstico das neuroinfecções, nas situações clínicas em que não for possível a identificação do agente etiológico no líquor através dos testes convencionais (culturas, sorologias e painéis PCR multiplex), o Neurolife está disponibilizando um novo teste “VIROMA” no líquor (PESQUISA DE VÍRUS E GENOTIPAGEM). A técnica identifica o material genético de um patógeno viral por técnicas de sequenciamento de nova geração sem a utilização de primers específicos. Na prática, isto significa que o material genético de todos os organismos em uma amostra será sequenciado. O ensaio laboratorial envolve a depleção do material genético humano (hospedeiro), amplificação randômica de RNA, confecção de bibliotecas e sequenciamento através da plataforma Illumina. Os dados de sequenciamento são analisados por um pipeline de bioinformática in-house para comparação com bancos públicos de genomas, identificação e confirmação do patógeno viral. Descartada a presença de contaminantes na amostra, a identificação de sequências de um determinado patógeno viral após as etapas de confirmação é precisa e inequívoca.
Fonte: Dr. Carlos Otávio Brandão.
